河套學院醫學系現共有專任教師62人，其中博士3人，碩士27人；高級職稱12人，中級職稱32人。1人被評為自治區級教學名師，1人被評為自治區級教壇新秀，1人被評為“草原英才”“河套英才”全市“最美科技工作者”，1人被評為校級教壇新秀；兩門課程被評為自治區級精品課程，2個專業被評為自治區級品牌專業；獲批自治區級實驗示范中心以及自治區級教學團隊，擁有內蒙古自治區重點實驗室。

2019年巴彥淖爾市醫院成為河套學院臨床醫學院。我系教師在每學期末都要深入到臨床一線進行學習，以實現教學與臨床的零距離對接。同時在課程教學中特聘請醫療行業專家為學生進行理論與實踐的教學指導，并且部分實訓實踐課程直接在醫院完成，以實現對學生的應用型、實踐型培養。