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化學與環境工程系是2018年在原理學系部分學科和專業的基礎上、整合學院各方相關的師資力量而成立。現有一些學科專業可追溯到上世紀八十年代巴盟教育學院生化系所設立。

化學與環境工程系成立以來，根據學院的發展定位和指導思想，按照學院制定的“依靠地方，強化應用，注重服務，建設地方性、應用型、服務型高校”的發展思路，圍繞提升人才培養質量這個核心，根據地區產業發展的需要及技術發展趨勢，在建設好原有的本科“應用化學專業”和“化學工程與工藝專業”基礎上，積極吸納教師、建設實驗室、新建了環境科學與工程和環境生態工程2個本科專業。2022年9月成立了化工新能源現代產業學院，是河套學院第一批成立的現代產業學院。合作企業有內蒙古鄂爾多斯電力冶金集團股份有限公司氯堿化工分公司、內蒙古大全新能源有限公司和聯邦制藥（內蒙古）有限公司。

化學與環境工程系現有教職工41人。碩士研究生24人，博士研究生8人，在讀博士3人；40歲以下青年教師的學歷均在碩士研究生以上；教授1人，副教授6人，高級實驗師2人。實驗設施能基本滿足教學要求和部分科研要求，現有基礎化學實驗室、化工實驗室、分析測試實驗室、生態環境實驗室、環境保護與資源綜合利用（博士科研）實驗室、輔助實驗室用房等六大類、共有29間實驗室用房，共計1740m2，儀器設備總值約500余萬元。主要承擔應用化學、化學工程與工藝、環境科學與工程、環境生態工程，以及農學、土木等相關專業的學生實驗課程，實驗開出率100%。另外承擔本系教師科研、學生畢業論文實驗及開放實驗。

    全系依托“生態治理與綠色發展院士工作站”、“功能材料實驗室”和“環境友好和生物醫用材料重點實驗室”開展科學研究。目前科研立項59項，其中國家級2項，自治區級16項，市級12項，校級29項，科研經費共計471余萬元。教研立項13項，其中自治區級8項，校級5項。累積發表科研論文79篇，其中SCI收錄 7篇、核心19篇；教研論文19篇；申請專利7項；出版教材、專著30部。

    全系面向巴彥淖爾市及內蒙古西部地區，與鄂爾多斯電力冶金股份有限公司、內蒙古君正能源化工有限公司、內蒙古誠信永安化工公司等多家企事業單位建立了校企合作關系，產學研合作基地29個。在我校3+1模式下，前三年學習理論知識，后一年到企業進行輪崗畢業實習及畢業論文（設計）。學生的畢業實習設校企兩級導師制。升本以來應用化學專業考研率逐年提高，教育教學質量穩步推進，每年畢業生供不應求，扎實有效地推進學院的轉型發展。