2月9日，媒體報道，原北京郵電大學軟件學院執行院長宋茂強，伙同其妻借用親戚、老鄉身份證以“校外勞務人員”的身份冒領68萬元科研經費，并簽訂虛假勞務合同應對財務審計。
2月14日，廣東省紀委網站發布消息，廣東省科技廳原副廳長王可煒涉嫌嚴重違紀，正在接受組織調查。
2013年，廣東省多名科技系統官員落馬，包括省科技廳原廳長李興華和廣州市科信局原局長謝學寧。廣州市人民檢察院披露，全年立案查處該市科技信息系統腐敗窩案25件29人，其中涉及局級官員1人，處級官員7人，涉案金額5000余萬元。這些官員出事，多與科研經費的發放和產學研項目有關。
科研經費貪腐問題近年來屢見不鮮，不僅涉案人員中“高知”越來越多，涉案金額也日漸增長。這無疑暴露出科研經費管理制度的漏洞，涉及科研經費的申報、分配、使用、審核和驗收等各個環節。
記者獲得的宋茂強案《刑事判決書》顯示，2013年12月4日，宋茂強因貪污罪一審被北京市海淀區人民法院判處有期徒刑10年6個月。
宋茂強是2008年8月7日工信部牽頭啟動的“核高基專項”的專家組成員之一，主要負責“面向新型網絡應用模式的網絡化操作系統”課題指南編寫。
2009年1月，北京郵電大學獲得該項目，由軟件學院教授袁玉宇擔任課題負責人。該課題執行期兩年，到2012年12月，后因經費到賬時間晚，延期半年。課題預算最終由財政部批準1.9億元。
宋茂強負責課題中的一個團隊，課題經費為200萬元，包括150萬元勞務費和50萬元設備費。勞務費中，68萬元被支付給5名校外勞務人員。據宋茂強稱，這5人沒有在課題中從事過任何勞務，只是用他們的名字和身份證把錢套出來。
2012年年初，國家審計署工業審計局對北京郵電大學的“核高基”專項課題進行資金審計時，發現了這一問題。
宋茂強套取勞務費的行為在科研經費貪腐問題中并不少見。目前的科研經費使用中普遍存在幾個方面問題，如虛報項目預算、支出報銷混亂以及資金閑置等。
在近年來曝光的數起科研經費貪腐案件中，通過開具虛假發票、編造虛假合同、編制虛假賬目和虛構科研項目支出等手段套現，以及挪用科研項目經費，是科研經費貪腐最為常見的幾種手段。
這些貪腐行為，反映出當前我國科研經費管理與監督機制存在漏洞。另一方面，科研管理上也存在管理制度僵化、不合理而導致科研人員違法違紀的問題。
近年來，我國財政性科研經費連年大幅增長，自2004年始，研究與試驗發展經費連續8年年增長20%以上。2012年，全國科研經費投入首次突破萬億元，總量居世界第三。
根據國家統計局、科技部、財政部發布的《2012年全國科技經費投入統計公報》，2012年全國共投入研究與試驗發展經費10298.4億元，增長18.5%；投入強度（與國內生產總值之比）為1.98%，按研究與試驗發展人員（全時工作量）計算的人均經費支出為31.7萬元。
我國目前的科研經費管理體制沿襲自上世紀80年代后期。高校和科研機構的科研經費來源實行以國家為主、地方為輔，個人捐助和單位自行出資為重要補充的資金管理體系。依據是政府資助還是企業資助，分為縱向科研項目和橫向科研項目兩大類。
其中，政府機構是科研活動的最大資助主體，大量的科研事業費及專項科研經費基本上都是由政府主管部門直接負責分配和撥付。這就決定了我國科研經費管理體制的一大特色，即行政力量在科研管理和科研經費的配置中占主導作用。
而另一方面，科研經費管理上，以競爭性的科研項目資助為主導。通俗來說，就是科研項目或者課題的資助通常靠“拼”甚至“搶”。這便滋生了權力的尋租空間。
中國科學與科技政策研究會原常務副理事長張碧暉即指科研經費流失是制度問題。他曾在文章中表示，只要科技資源掌握在政府手中，過度的行政化，必定會帶來權力尋租，因而腐敗嚴重。
21世紀教育研究院副院長熊丙奇對中國青年報記者稱：“科研經費貪腐的核心問題是權力問題。”“從科研項目的立項，到學術研究的具體執行、財政撥付、監督，都是行政部門在主導，基于行政權力和學術權力的科研資源分配，而并不是按學術標準來配置，往往就有人情因素、權力交易等。”
早在2004年，中國科協公開出版的《全國科技工作者狀況調查報告》中就曾提到：“調查結果顯示，從全國來說，資金用于項目本身的比例在40%左右。”
此外，這種科研經費的分配方式還易造成資源的過度集中。“科研經費的資源配置很大程度上是按照馬太效應疊加的，看官銜，看名頭。這種做法就造成有些大學、學科錢多得花不完，一家獨大，其他的學校根本無法跟它競爭。”21世紀教育研究院院長楊東平說。
還有某高校教授向中國青年報記者反映：“某理工科高校科研經費一年30多個億，但是國家級的科學發明獎，甚至優秀博士論文都空缺好幾年了。”
科研人員向國家申請一個項目研究的經費支持，理論上申請人并沒有報酬，所有的經費都應該用于項目研究本身。
這是我國科研經費使用的一大特色，即“重物不重人”。科研經費的投入長期偏向硬件設置，即偏向對于科研儀器設備、會議或者活動的投入，而對人力資源的投入比例小。
國家自然科學基金委員會政策局原副局長韓宇此前對媒體透露，在我國科研經費投入中，勞務使用情況占23.6%，而發達國家的比例則達45%。
“為什么科研經費這么大面積非科研的使用？很多人認為這跟中國的實際情況，高校教師、研究人員待遇比較低有關，大家都把爭取科研經費作為改善生活的方式。”楊東平補充道。
另外，具體到使用細則上，科研經費的流失并不是因為規則寬松而致，相反，部分教授反映，我國科研經費的使用規定過于嚴格，甚至到了嚴苛的地步。
香港大學教授金冬雁曾在博客上表示，近年常常聽到內地同行投訴，內地科研管理及審計部門對科研經費的預算和執行越來越錙銖必較。經費使用必須嚴格照預算表來執行，而且預算細到買什么冰箱，買什么品牌，買多少都要列明。使用時如與預算略有不同，無論數量、單價或品牌，都會招至麻煩，動不動就扣錢罰款。
經濟學者梅新育曾對科研經費的財務管理提出質疑，現行的科研申報書格式就要求申報者把經費各項用途全部詳細計算并一一列出，甚至要采取什么方法解決問題也都寫清楚，這不符合科研規律。對過程細節管得太多太死，使得一線科研人員無法集中精力去從事科研工作。
自2006年起，相關政府部門即開始發布改進科技經費管理的相關文件。
2006年8月21日，財政部、科技部發布《關于改進和加強中央財政科技經費管理的若干意見》；2011年9月14日，財政部、科技部發布《關于調整國家科技計劃和公益性行業科研專項經費管理辦法若干規定的通知》；2012年12月17日，教育部、財政部下發《關于加強中央部門所屬高校科研經費管理的意見》等。
但這些旨在改革的管理性文件的推出也遭到了詬病，有科研工作者認為，這些文件浮于表面，并不重視科研經費管理體制機制的深層次問題。
熊丙奇認為，在科研經費管理制度改革中，最重要的環節是“改變行政部門主導科研機構的體制，政府應該是起到服務的作用”。此外，還應該“改革薪酬體系，建立基于學術共同體的同行評價制度，以及推動財務信息的公開透明”。
楊東平則表示，目前的科研經費管理仍在初期階段，應首先進行基礎性的制度建設，“對人力資源有一個恰當的安排，對科研人員建立信用制度等，在這個前提下，再講嚴格的執行科研管理、會計制度，防范對科研制度的挪用、侵占和貪污。”
1月22日，由李克強主持召開的國務院常務會議，決定改革中央財政科研項目和資金管理辦法。其中提出，簡政放權，簡化審批流程；建立公開透明的申報、立項、評審和批準制度；建立科研信用“黑名單”制度，杜絕一題多報、重復資助等現象；消除行政化定項目、分資金的弊端等。并提出完善科研人員收入分配政策。
而在宋茂強一案上，不少觀點認為，審計制度的建設對科研經費使用的監督至關重要。
常年從事高校審計工作的北京中瑞誠聯合會計師事務所合伙人梅貴琴認為，可以通過比較嚴格的審計制度從源頭上遏制科研經費的貪腐問題。
梅貴琴以中國科技大學為例：“學校內部網上公示學校科研項目的經費使用，并要求財務處和審計部門、會計部門共同負責科研項目經費的審核，三位一體，共同辦公。”
中央財經大學會計學院副院長吳溪指出：“審計制度可以很嚴格，但被審計信息是否符合標準、勞務發生是否符合規律更重要。”
在他看來，遏制科研經費貪腐問題還是需要項目負責人和參與者自律，“如果科研項目涉及公共利益和國家公共財政支出投入，則有必要在全社會范圍公示”。
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